salmonの部分でうまく動きません。
yonesora56 opened this issue · 7 comments
cd test/Illumina_PE && bash ../../ikra.sh SRP150441_PE_SRR.csv human -t 16 -o SRP150441_output.tsv
M1のMacで試してみたところ、以下のようなエラーがでました。
もういちどikraを再度ダウンロードしなおしてやりなおそうと考えています。スレッド数の指定などにも問題があったかと思うのでもう一度確認します。
もし解決法がありましたら教えていただけますと幸いです。よろしくお願い致します。
salmon indexが適切にできていないように思いますが、salmon indexのログとかはどうなってますでしょうか。
こちらがsalmonのindexです。よろしくお願いします。
indexの作成がうまくできていないように思います。
logはどうなってますか？
また、M1での検証はできていません。
一方Macではdockerのメモリの設定をする必要があります。
https://github.com/yyoshiaki/ikra#for-mac-users
このあたりは確認されましたか。
salmonのlogは以下のようになっていました
Dockerのメモリは32GBに設定して行っていました
よろしくお願いします。
手元のM1 MBAでは正常にindexが作成され、出力も正常でした。
すみませんが、再現とれません。何度かやり直す、salmonのdockerのversionを1.4 -> 1.9などに変更する、など選択肢は考えられますが、いかがでしょう。
ありがとうございます。
ikraの再取得、salmonのversionの変更など試してみます。
M1でikraの再取得を行った後、salmonのversionを1.9に変更して何回か試してみたところ、tsvファイルの出力までうまく動くようになりました。ご対応いただきありがとうございました。